Interní finanční auditor je organizačně začleněn do oddělení systému řízení (OSŘ) odboru právního a metodického (OPM), ze své funkce však odpovídá přímo Ř/ÚCL. Plní veškeré úkoly a povinnosti ÚCL spadající do působnosti vnitřní finanční kontroly vyplývající z právních předpisů, případně textu náplně činnosti, zejména zajišťuje a provádí nezávislou a objektivní finanční kontrolu ve smyslu zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů, v rámci které zjišťuje, zda:
a) právní předpisy, přijatá opatření a stanovené postupy jsou v činnosti ÚCL dodržovány;
b) rizika vztahující se k činnosti ÚCL jsou včas rozpoznávána a zda jsou přijímána odpovídající opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění;
c) řídící kontroly prováděné příslušnými útvary ÚCL v rámci jejich činnosti poskytují řediteli ÚCL spolehlivé a včasné provozní, finanční a jiné informace a naplňují žádoucí cíl jimi prováděné finanční kontroly;
d) zavedený vnitřní kontrolní systém ÚCL je dostatečně účinný, reaguje včas na změny ekonomických, právních, provozních a jiných podmínek;
e) dosažené výsledky při plnění rozhodujících úkolů ÚCL poskytují dostatečné ujištění, že schválené záměry a cíle budou splněny;
a dále
f) předkládá na základě svých zjištění řediteli ÚCL doporučení ke zdokonalování kvality vnitřního kontrolního systému, k předcházení nebo ke zmírnění rizik a k přijetí opatření k nápravě zjištěných nedostatků;
g) zpracovává plány vnitřní kontroly na základě objektivního hodnocení rizik, která vyplývají ze stanovených úkolů ÚCL, s přihlédnutím k výsledkům veřejnosprávní a jiné kontroly uskutečněné u ÚCL a ke zjištěním vnitřního kontrolního systému, a provádí výkon kontrolní činnosti;
h) o svých zjištěních z provedených kontrol předává zprávy řediteli ÚCL s doporučením k přijetí opatření, která konkrétně navrhuje;
i) do konce ledna kalendářního roku předkládá řediteli ÚCL výsledky z kontrolní činnosti a plán následné kontroly na tentýž kalendářní rok;
j) spolupracuje s jinými orgány státní správy, které provádějí finanční kontrolu ÚCL (zejm. Ministerstvo dopravy, Ministerstvo financí, NKÚ, FÚ, Magistrát hl. m. Prahy);
k) účastní se jednání s Ministerstvem dopravy (odbor auditu, kontroly a dozoru) na pokyn ředitele ÚCL;
l) zpracovává Zprávy o výsledcích finanční kontroly za kalendářní rok dle pokynu Ministerstva dopravy.