Sekce provozní je ve své působnosti v rámci ÚCL odpovědná za:
- výkon státní správy a dozoru v oblastech letových navigačních služeb (ATM/ANS), bezpilotních prostředků (UAV), letišť (ADR) a ochrany před protiprávními činy (AVSEC),
- naplnění povinností příslušného vnitrostátního orgánu (NCA) resp. národního dozorového orgánu (NSA) podle příslušných předpisů EU;
- sledování výkonnosti poskytovatelů letových navigačních služeb, naplnění požadavků na interoperabilitu a koordinaci s ostatními státy v rámci aktivit FAB resp. SES;
- správa, dozor a koordinace v oblasti rozdělení a využívání vzdušného prostoru (ASM);
- správa, dozor a nastavení podmínek regulace provozu bezpilotních systémů (UAS), včetně vydávání oprávnění k jejich provozu a správy zeměpisných zón
- agenda vydávání dokladů o ověření spolehlivosti
- správa on-line portálů ověřování spolehlivosti, registru pilotů a provozovatelů bezpilotních systémů
- správa a dozor nad způsobilostí k provozu a provozem civilních a vojenských letišť, používaných pro civilní letecký provoz;
- vyhlašování ochranných pásem leteckých staveb a leteckých zařízení a schvalování činnosti v nich;
- vydávání národních bezp. programů, schvalování bezpečnostních programů subjektů a metodické nastavování systému ochrany civilního letectví před protiprávními činy
- zkoušky a vydávání povolení školitelům poskytující bezp. výcvik a osvědčování zkoušek bezpečnostních pracovníků;.
- dozor nad realizací bezpečnostních opatření, včetně realizace bezp. auditů, inspekcí a testů;
- dozor nad zachováním provozní bezpečností v rozsahu spravovaných agend;
- podíl na přípravě leteckých předpisů ČR a souvisejících dokumentů tak, aby byl udržován jejich soulad s mezinárodní úpravou;
- účast na jednáních odborných skupin EU, EASA, EUROCONTROL, ICAO apod. při vývoji mezinárodních předpisů v oblasti letectví.
Výše uvedené činnosti zajišťuje a provádí sekce provozní v souladu s příslušnými právními předpisy, zejména se zákonem o civilním letectví včetně příslušných prováděcích vyhlášek, předpisy EU, příslušnými dokumenty ICAO, EASA, EUROCONTROL a EU a dalšími právními předpisy vztahujícími se k funkci orgánu státní správy a příslušnými postupy, nařízeními, směrnicemi a příručkami pro výkon státního dozoru a provádění ostatních činností v rámci organizačního členění sekce.